به گزارش پایگاه خبری «عصر بازار» به نقل از ایرنا، هیات وزیران در مصوبه 20 اردیبهشت سال 96، مقرر کرده بود: «عوارض دریافتی توسط سازمان‌های مناطق آزاد از کالاهایی که به صورت تجاری از مناطق آزاد تجاری-صنعتی به سرزمین اصلی وارد می‌شوند موضوع تصویب نامه 26 اردیبهشت سال 90 در مورد هر کالا حداکثر دو درصد کمتر از میزان کاهش سود بازرگانی ورود کالا از مناطق مذکور به سرزمین اصلی تعیین می‌شود.»
معاونت حقوقی، مجلس و تفریغ بودجه دیوان محسابات کشور طی شکایت‌نامه 31 مرداد سال 96 از این مصوبه به دیوان عدالت اداری شکایت کرد و در تبیین خواسته خود اعلام داشته است: وفق ماده 14 قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری، صنعتی جمهوری اسلامی ایران، مبادلات بازرگانی مناطق با خارج از کشور پس از ثبت گمرکی از شمول مقررات صادرات و واردات مستثنی هستند و مقررات صدور و ورود کالا و تشریفات گمرکی در محدوده هر منطقه به تصویب هیأت وزیران خواهد رسید مبادلات بازرگانی مناطق با سایر نقاط کشور اعم از مسافری و تجاری تابع مقررات عمومی صادرات و واردات کشور است.
در ادامه شکایت دیوان محاسبات آمده است: به موجب ماده 20 قانون صادرات و واردات، دولت مکلف است از ابتدای سال 1373 از واردکنندگان بخش‌های غیردولتی که به صورت تجاری کالا وارد می‌کنند، برابر یک درصد از مجموع وجوه دریافتی بابت حقوق گمرکی و سود بازرگانی کلیه کالاهای وارداتی را علاوه بر حقوق گمرکی و سود بازرگانی مقرر به عنوان عوارض ویژه دریافت و به حساب درآمد عمومی کشور واریز کند.
همه ساله معادل 100 درصد مبالغی که از این بابت به حساب درآمد عمومی کشور واریز می‌شود از محل اعتباری که به همین منظور در قانون بودجه هر سال پیش بینی می‌شود تا بر اساس آیین نامه اجرایی این قانون جهت تشویق و توسعه صادرات کالاهای غیر نفتی و همچنین راه اندازی صندوق تضمین صادرات، آموزش و تبلیغات بازرگانی به مصرف برسانند.
در بخش پایانی شکایت این دیوان تصریح شده است: نظر به اینکه در این قوانین هیچ گونه ترجیح و امتیازی برای تعیین و دریافت حقوق گمرکی و سود بازرگانی کالاهای وارداتی از مناطق آزاد به داخل کشور مقرر نشده، بر همین اساس این تصویب نامه مبنی بر اینکه عوارض دریافتی توسط سازمان‌های مناطق آزاد از کالاهایی که به صورت تجاری از مناطق آزاد تجاری- صنعتی به سرزمین اصلی وارد می‌شوند موضوع تصویب نامه 26 آذر سال 90 در مورد هر کالا دو درصد کمتر از میزان کاهش سود بازرگانی ورود کالا از مناطق مذکور به سرزمین اصلی تعیین می‌شود از حیث ادامه روند ترجیح و امتیاز برای کالاهای وارداتی از مناطق آزاد تجاری- صنعتی به سرزمین اصلی مجدداً و برای سال جاری مغایر قانون است لذا بنا به اهمیت موضوع جهت جلوگیری از تضییع حقوق بیت‌المال و وصول صحیح حقوق ورودی و مالیات و عوارض متعلقه در اجرای مواد 12 و 13 قانون تشکیلات و آیین دادرسی دیوان عدالت اداری مصوب سال 1392، انعکاس نتیجه اقدامات معمول و ابطال تصویب نامه اخیرالصدور مورد استدعی است.
نهایتاً هیات عمومی دیوان عدالت اداری، در تاریخ 24 مهر سال 97 با حضور رئیس، معاونان، رؤسا، مستشاران و دادرسان شعب دیوان تشکیل شد و پس از بحث و بررسی با اکثریت آراء اعلام کرد: « نظر به اینکه در قوانین، ترجیح و امتیازی برای تعیین و دریافت حقوق گمرکی و سود بازرگانی از کالاهای وارداتی از مناطق آزاد به داخل کشور مقرر نشده، بنابراین مصوبه مورد شکایت به جهت کاهش دو درصد سود بازرگانی کالاهای وارداتی از مناطق آزاد به سرزمین اصلی مغایر قانون بوده و مستند به بند یک ماده 12 و ماده 88 قانون تشکیلات و آیین دادرسی دیوان عدالت اداری مصوب سال 1392 ابطال می‌شود. با اعمال ماده 13 قانون مذکور و تسری ابطال مصوبه به زمان تصویب آن موافقت نشد.»
گردشکار این پرونده در بخش آرای هیات عمومی سایت دیوان عدالت اداری قرار گرفته است.